立地的な問題で考えれば香港島は大きな川のような場所にターミナルがあり漁船や貨物船が頻繁に行き来しています。
一方九龍は外に向いていますので、他船の波で揺られることは少ないと思います。
ただ、澳門からの到着便であれば、着いたらすぐ下船するのであまり気にする必要はないでしょう。
むしろ船そのものに気を配るべきで、旧型の小型船は走行時に波の影響を受けやすいようですから、チケット購入時に選んだ方が良いですね。
(私は指定したことがないので窓口で教えてくれるのか知りません。ただ、船ごとに席数が異なるのでわかるはずです。)
例えばターボジェトは
http://www.turbojet.com.hk/jp/vessel/fact_sheet.asp#tricat
こんなに船の種類があります。
一般に単胴船(Monohull)よりも双胴船(Catamaran)は揺れが少なく、小型船よりも大型船が波の影響を受けないとされます。
どんなに船や航路を気にしても、海が荒れていれば揺れます。
船酔いを気にするなら薬を飲み、予算が許すならヘリを利用しましょう。