時間短縮というならスカイピアからのフェリー乗り継ぎが良いと思うのですが、アップルストアに寄りたいとなると一旦外に出る必要があります。(新しいiphone狙いですか?)
その場合、スカイピアへは入れないので香港経由ですね。
上環のアップルストアが大きいしいいのではないでしょうか?
エアポートラウンジなら帰国時に寄ってはどうでしょうか?マカオ発のフェリーに乗ると必ず時間が余ります。
アップルストアに関してはkosa-pさんが詳しいのですが、タイトルにアップルの文字が無いと見てくれないかもしれません。
別スレッドを立てて聞いてみてください。