自己レスです。
こちらでは回答がつかないようだったので、別のサイトで聞いてみたところ、早い時期に回答を得ることができました。
私の認識どおり、ホテルでフライトのWebチェックインをして搭乗券を印刷していく場合、有料のサービスである「アップストリーム・チェックイン」は意味をなさないようです。
私の質問では「マカオ→香港乗継→オーストラリア」と書きましたが、これはマカオから日本へ帰国するときも同様です。
Webチェックインの座席指定だけして、搭乗券は香港国際空港の自動チェックイン機で受け取る方法もありますが、この場合も「アップストリーム・チェックイン」は意味をなしません。どちらの場合も、マカオでは「バゲージスルーチェックイン」だけで充分です。
以上、今後個人手配でマカオへ行かれる方はご参考になさってください。